虽然苏军遇到了波兰军队和边境警卫部队的抵抗，但到1939年9月底，苏军已经占领了波兰东部领土。入侵后，苏联逮捕了20多万波兰人。

二战中苏联占领时期是波兰人民遭受迫害的时期。波兰公民被迫改换国籍接受苏联公民身份，成千上万的波兰人被驱逐到苏联西伯利亚等偏远地区。1940年，苏联开始消灭波兰精英阶层——超过2万波兰各界精英在卡廷、哈尔科夫和特维尔的大规模处决中被杀害。

1939年8月23日，希特勒和斯大林在莫斯科签订协议，导致了苏联对波兰的侵略。此举被英国《时代周刊》形容为“背后的一击”。这份苏联-德国条约的重要组成部分是秘密协议。秘密协议中的第二条，把波兰主权领土沿着纳雷河，维斯瓦河和桑河一分为二纳入苏联和德国。

1939年9月28日，德国和苏联达成了另一项针对波兰的边界和友谊条约。在这份于莫斯科签署的文件中，德苏将波兰的领土瓜分，并承诺共同压制波兰独立。根据协议，苏联同意放弃占领包括波兰的马佐夫舍省和卢布林在内的东部地区，换取德国将立陶宛划入苏联的势力范围。此外，苏联还瓜分了包括立陶宛、拉脱维亚、爱沙尼亚、芬兰和罗马尼亚在内的其他中东欧主权国家的领土。从此，波兰以及波罗的海国家势力范围的分裂局面被划定。