21 października 1934 roku podpisana została w Warszawie, z okazji wizyty węgierskiego premiera, umowa o współpracy kulturalnej pomiędzy Polska i Węgrami. Cztery lata po podpisaniu umowy, 31 października 1938 roku, lektor języka polskiego w Uniwersytecie Królewskim im. Pétera Pázmánya w Budapeszcie mianowany został na stanowisko dyrektora Instytutu Polskiego. Instytut rozpoczął działalność w styczniu 1939 roku, zaś oficjalne otwarcie, w obecności przedstawicieli polskich i węgierskich władz państwowych, nastąpiło 24 maja 1939 roku.
Do wybuchu II wojny Instytut zajmował się przede wszystkim propagowaniem polskiej nauki, kultury i języka. Wszystko to, co nastąpiło po 1 września, a zwłaszcza fala uchodźców polskich przybyłych na Węgry, nałożyło na Instytut nowe zadania. Instytut pomagał w przygotowywaniu młodych uchodźców do egzaminów na studia. Brak książek zmuszał do wydawania wybitnych dzieł literatury polskiej. Dzieła Mickiewicza, Słowackiego, Żeromskiego, Wyspiańskiego i innych ukazały się w serii wydawniczej Instytutu pn. Biblioteka Polska, liczącej ponad 80 tomów. Instytut stał się nieoficjalną redakcją podręczników do nauki języka polskiego, redagowano tutaj czasopismo Rocznik Polski oraz prowadzono Wyższe Studium dla Uchodźców. W ramach tego studium wykładał także wybitny polski pisarz i eseista Stanisław Vincenz.
Instytut Polski w Budapeszcie był jedyną tego typu instytucją działającą w tym czasie w Europie i w dodatku w państwie, pozostającym w sojuszu z Niemcami. Niemieckie władze wielokrotnie sprzeciwiały się działalności Instytutu. Dzięki zrozumieniu władz węgierskich Instytut Polski działał nieprzerwanie do 19 marca 1944 roku i był bezpiecznym miejscem spotkań duchowych przywódców emigracji polskiej, wybitnych przedstawicieli polskiej literatury, kultury i sztuki.
W obecnej siedzibie, u zbiegu ulicy Nagymező i Al. Andrássy Instytut prowadzi działalność od 1964 roku. Początkowo działał jako Czytelnia Polska, następnie Ośrodek Informacji i Kultury Polskiej – a w 1994 roku przyjął obecną nazwę Instytut Polski w Budapeszcie.
Będąc jednym z najstarszych Instytutów Polskich na świecie, oraz jedną z najstarszych działających za granicą polskich instytucji kulturalnych, Instytut Polski w Budapeszcie jest zaangażowany obecnie w organizację ok. 150 różnorodnych programów z dziedziny kultury, oświaty i nauki rocznie. Jego podwoje przekracza tym samym rocznie ponad 30 tys. osób, a wielokrotność tej liczby bierze udział w programach organizowanych przez Instytut poza własną siedzibą, w tym w ramach takich przedsięwzięć, jak Budapesti Tavaszi Fesztivál, Budapest Cafe (dawniej: Őszi) Fesztivál, Sziget Fesztivál, Mediawave, Cinefest, Titanic, itd.