Jego życie było ściśle związane z Sankt Petersburgiem. Urodził się na Wileńszczyźnie, gimnazjum ukończył w Warszawie, natomiast studia medyczne odbywał już w mieście nad Newą, na Cesarskiej Akademii Medyko-Chirurgicznej. W 1856 r. został wykładowcą na tejże uczelni. Już w następnym roku psychiatria została odrębną dyscypliną w Akademii, Baliński więc jako pierwszy zaczął prowadzić wykłady w tej dziedzinie. Wydane drukiem, przez dekady były głównym podręcznikiem psychiatrii, natomiast ich autor został w 1860 r. mianowany kierownikiem nowo powstałej na Akademii katedry psychiatrii. Był także propagatorem studiów medycznych dla kobiet i jednym z pierwszych wykładowców na Wyższych Żeńskich Kursach Lekarskich w Petersburgu.

13 czerwca 1859 r. dzięki staraniom Balińskiego pomieszczenia starego Oddziału dla Obłąkanych przy II Szpitalu Wojskowo-Lądowym zostały zaadaptowane na potrzeby nowego oddziału psychiatrycznego. Jednak celem naukowca było otwarcie kliniki psychiatrycznej. Po latach pracy i badań doświadczeń zagranicznych w tej sferze 19 listopada 1867 r. na terenie Akademii Medyko-Chirurgicznej został otwarty nowy szpital psychiatryczny. Baliński brał również udział w zakładaniu klinik psychiatrycznych w Charkowie, Kijowie, Kazaniu, Nowogrodzie, Odessie, Rydze, Twerze, Warszawie i innych miastach. W 1861 r. był jednym z założycieli Towarzystwa Psychiatrycznego w Sankt Petersburgu. Wśród jego uczniów można wymienić takich wybitnych lekarzy, jak Otton Czeczott, Stanisław Felicjan Daniłło, Jan Szeliga Mierzejewski.

Zmarł 24 marca 1902 r. w Sankt Petersburgu i zgodnie ze swoją wolą został pochowany w rodzinnym majątku Jaszuny pod Wilnem.

Szczegółową biografię Jana Balińskiego znajdą Państwo w encyklopedii elektronicznej „Polski Petersburg”:

http://www.polskipetersburg.pl/hasla/balinski-jan

http://www.polskipetersburg.ru/object/1805490057